Уже 28 июня (нового стиля) 1812 года, через четыре дня после вторжения, Наполеон вошёл в Вильну – древнюю столицу Литвы. Со дня на день поляки ожидали манифеста о присоединении Литвы к Польше. Но Наполеон поступил иначе.

Вместо этого, он 1 июля 1812 объявил об образовании в Вильне Комиссии Временного правительства Великого княжества Литовского. По мере продвижения наполеоновских войск, под гражданское управление этой Комиссии были отданы территории Ковенской, Виленской, Гродненской, Курляндской и Минской губерний, а также Белостоцкого округа.

Таким образом, Наполеон не включил во временную Литву даже всей территории этого великого княжества, какая была в его составе до первого раздела Речи Посполитой в 1772 году. Могилёвская и Витебская губернии были переданы под управление французских военных губернаторов.

Впрочем, и во временной Литве Наполеон не доверял местным деятелям. Главой Комиссии был назначен в ранге комиссара Франции Луи Биньон (впоследствии, во время «Ста дней» Наполеона в 1815 году, он станет министром иностранных дел Франции). Даже президентом Комиссии Наполеон в сентябре 1812 года сделал своего губернатора в Вильне (которому и так принадлежала там фактическая власть) нидерландского дипломата Дирка ван Гогендорпа.

Комиссия Временного правительства (уже характерно – не само Временное правительство, а только его комиссия) должна была управлять Литвой до окончательного определения её статуса. В этом проявилась неясность политических целей Наполеона при вторжении в Россию. Он не хотел ставить препятствий заключению мира с Александром I путём фактического отторжения территорий от Российской империи. Объявляя о создании в Литве временного порядка управления, Наполеон, не исключал, таким образом, и явственно давал это понять русскому царю, что Литва после войны может остаться в составе России даже при победе Наполеона. Если, конечно, Александр будет себя «хорошо вести».

Внутреннее устроение в литовских губерниях оставалось те же, что и до прихода французских войск. Это было неудивительно, так как за неполных двадцать лет после присоединения к Российской империи они также не были изменены. В городах продолжало действовать магдебургское право. Надежды некоторых крестьян на то, что, как в герцогстве Варшавском, будет за выкуп отменено крепостное право, остались тщетными. Права помещиков остались нетронутыми. Известны случаи, когда по просьбе местных панов французские воинские команды усмиряли выступления крестьян.

Автономной территорией в Речи Посполитой было герцогство Курляндское и Семигальское. После присоединения к России в 1795 году оно было ликвидировано. 1 августа 1812 года Наполеон подписал приказ о выделении Курляндской губернии из юрисдикции Временной комиссии Литвы и восстановлении там герцогства.

Государственное строительство в Курляндии зашло несколько дальше, чем в Литве. Наполеон откопал где-то бокового родственника курляндских герцогов, графа Карла фон Медема, и приказал ему сесть на курляндский престол. В Митаве и Либаве были открыты даже официальные консульства Французской империи.

По-видимому, восстановлением Курляндии Наполеон хотел теснее привязать к себе немцев Германии, испытывавших некоторое чувство кровной близости со своими остзейскими соплеменниками. Вдобавок Бонапарт мог считать эту приморскую область важной для режима континентальной блокады Англии. Не исключено, что в победном мирном договоре, который он собирался продиктовать Александру I после занятия Москвы, предусматривался бы отказ России от Курляндии.

Но все эти планы оказались вилами на воде писаны. Оборванные остатки «Великой армии» вошли в Вильно 8 декабря 1812 года, но ещё двумя днями ранее через столицу Литвы инкогнито проехал, спасаясь бегством, сам Наполеон, и Временная комиссия Литвы во главе с Гогендорпом, прознав об этом, немедленно бежала вслед за ним. А 7 декабря 1812 года французская администрация и марионеточный герцог покинули Курляндию.

В целом же Наполеон не предпринял серьёзных попыток как-то возбудить и использовать сепаратистские движения против Российской империи. Вероятно, не в последнюю очередь потому, что не видел под ними реальной почвы.